Bij de ontdekkingstocht naar de geheimen van de grote meesters speelde onderzoek een cruciale rol. Met behulp van natuurwetenschappelijk- en archiefonderzoek, deed Het geheim van de Meester-team nieuwe ontdekkingen. Maar ook het uitpluizen van de levens van de verschillende kunstenaars, de praktijk en een beetje gezond verstand leverden nieuwe inzichten op.