Het tweede seizoen van de zinderende Nederlandse politieserie Flikken Maastricht begint waar de eerste reeks eindigde. Wie loste het, wellicht fatale, schot op rechercheur Wolfs? En wordt Eva gestraft voor het negeren van een duidelijk bevel waarmee ze haar collega in levensgevaar bracht?
In de eerste aflevering van de tweede reeks vinden we Wolfs in het ziekenhuis. Hij is neergeschoten bij de achtervolging van de crimineel Danneels in de grotten van de Zonneberg. Naast de kogelwond heeft hij een zware hoofdwond van de val. Hij wordt kunstmatig in slaap gehouden. Eva maakt zich zorgen, pas als Wolfs wakker is zal blijken of er sprake is van blijvend hersenletsel. Daarnaast maakt ze zich bezorgd om Maurice, die gearresteerd is door de rijksrecherche die onderzoek doet naar de schietpartij in de grotten. Tot overmaat van ramp wordt ze ook nog disciplinair gestraft voor het negeren van het dienstbevel om niet de grotten in te gaan. En dan is Danneels ook nog voortvluchtig.
Als Wolfs eindelijk wakker wordt lijkt alles weer een beetje normaal te worden. Maar dan wordt er een uitgedroogde bewusteloze Duitser op de kamer naast Wolfs gelegd. Als Wolfs erachter komt wie de man is, kan hij het politiewerk niet laten en zet, in pyjama, de achtervolging in. Voordat Eva, Marion en Romeo goed en wel beseffen wat er aan de hand is, vliegen de kogels door het ziekenhuis.
Wolfs is herstellende, ontslagen uit het ziekenhuis en moet het nog een tijdje rustig aan doen. Hij kan het werk echter niet laten en stapt nog wat verzwakt, maar wel opgewekt, het politiebureau binnen. Voordat hij goed en wel z'n collega's gedag heeft gezegd, komt er een telefoontje binnen. Het pittoreske Zuid-Limburgse dorpje Sweikhuizen wordt opgeschrikt door een achtervolging en twee jongens die achterna worden gezeten vragen in paniek om hulp. Voordat Wolfs en Eva goed en wel kunnen reageren, valt de lijn dood. Marion en Romeo zitten midden in het leven van een paar pubers.
Drugs, verkrachting en Hyves maken het niet makkelijk te ontdekken wie er liegt en wie niet. En Marion heeft eigenlijk wel wat anders aan haar hoofd, dat heeft alleen niets met werk te maken. Frank de Ponti heeft zijn zinnen gezet op het uitbreiden van zijn werkgebied. Eva heeft zo haar bedenkingen, want het gaat wel over heel veel geld. Wolfs is er echter van overtuigd dat Frank met zijn kookkunsten de wereld kan veroveren.
Een jonge gokker wordt vermoord gevonden in het stadspark van Maastricht. Het onderzoek leidt Eva en Wolfs naar een wereld waar op veel manieren geld wordt verdiend. Een vrouw doet bij Romeo en Marion aangifte van bedreiging door haar ex-man die net uit de gevangenis komt.
In een Maastrichts muziekcentrum wordt ondanks de aanwezige beveiliging tijdens een feest een zakelijk leider vermoord. Als bij het onderzoek door Eva en Wolfs ook nog eens drugs worden aangetroffen, wordt de sfeer explosief. Intussen proberen Romeo en Marion een insluiper in een villawijk te betrappen. Egbert Jan Weeber speelt in deze aflevering een gastrol. In de rol van Mark Huydekooper (Hippe house-dj) draait hij op een white party in discotheek de Kingdom.
Op verzoek van de Criminele Inlichtingen Eenheid luisteren Wolfs en Eva de telefoon van de gefortuneerde Pierre van Brunssum af. Wat een saai klusje lijkt in het kader van een fraudeonderzoek, wordt een ander verhaal als blijkt dat de zoon van Van Brunssum spoorloos is verdwenen. Ook collega Romeo krijgt met een verdwijning te maken.
Eva en Wolfs moeten een onwillig meisje zien te bevrijden uit de klauwen van een gevaarlijke loverboy. Romeo en Marion worden tijdens een verkeerscontrole verrast door een doorrijder. Maar die is nog niet van ze af, ze gaan naar hem op zoek.
Als er tijdens een vakantiekamp een jongetje wordt vermist vreest iedereen direct het ergste. Wolfs en Eva komen meteen in actie. Romeo en Marion krijgen te maken met een oude verdwijning. Degene die de zaak toen niet heeft kunnen oplossen loopt hen nu voor de voeten. Frank krijgt problemen met investeerders.
Een schietpartij tussen drugsrunners op de snelweg bij Maastricht heeft fatale gevolgen. Een Belgische zakenman wordt geraakt en overlijdt ter plekke. Een getuige die naast de man zat is spoorloos verdwenen. Eva en Wolfs arresteren al snel een verdachte. Als ze de getuige eindelijk gevonden hebben denken ze de zaak rond te hebben. Maar dat blijkt te makkelijk gedacht.
Tijdens een nagespeelde bestorming van Maastricht door Franse troepen valt een dode. Er blijkt met scherp geschoten te zijn. Het slachtoffer is de mecenas (beschermheer) van de schutterij. Een rijk man, maar tijdens het onderzoek naar de moord blijkt hij niet altijd even eerlijk aan zijn geld te zijn gekomen. Dat heeft hem veel vijanden opgeleverd. Ook Marion maakt geen vrienden als ze het eindelijk uitmaakt met haar minnaar. Ernst Daniël Smid heeft in deze aflevering een gastrol. Hij speelt Will Sauer, de wapenmeester van de schutterij.
Wolfs krijgt te maken met de moord op een zwerver. Maar hij is meer bezig met Eva, die onderzoek doet naar Franks betrokkenheid bij de criminele witwassers. Dan krijgt Wolfs een telefoontje waarin hij hoort dat ze ontvoerd is. Als hij haar nog levend terug wil zien zal hij moeten meewerken met de bende. Romeo moet een vervuilde zwerver uit de bibliotheek zien te verwijderen. Dat lijkt een routineklusje, maar dan gaat de man finaal door het lint?