In het nieuwe seizoen van Flikken Maastricht krijgen Wolfs en Eva te maken met de naweeën van de aanslag op hun en officier van justitie Bols’ leven. Ze mogen de aanslag niet zelf onderzoeken, maar het wordt ze al snel duidelijk dat ze te maken hebben met een niets ontziende tegenstander: de maffia die zijn activiteiten naar Maastricht heeft uitgebreid. Het blijkt een tegenstander die er niet voor terugdeinst om slachtoffers te maken.
Het bureau is in shock door de aanslag op Wolfs, Eva en officier van justitie Jens Bols. De rijksrecherche neemt het onderzoek naar de aanslag en het lek op het bureau over en gaat voortvarend te werk. Romeo wordt geschorst en Marion komt in het vizier van de rijksrecherche. Is zij het lek dat ze zoeken? Wolfs krijgt een zaak; een jonge vrouw is uit de Maas gevist. Ze is zwaar toegetakeld en gemarteld.
Het bureau zet vol in op de jacht op Tony Verwoerd. Forensische sporen op het lijk van de gemartelde vrouw leiden naar Luik. Maar waar in die stad is Tony te vinden? Vinden ze hem op tijd om een fatale afloop te voorkomen?
Een chauffeur komt aangifte doen van zijn gestolen vrachtwagen die is terug gevonden met een dood Roemeens hoertje ernaast. Wolfs en Eva moeten uitzoeken waarom de lege vrachtwagen doelwit van roof geworden is. Romeo krijgt zijn straf te horen voor het illegaal gebruiken van de politiecomputer.
Chris Tates speelt een gastrol in seizoen 9
Een bekend gezicht duikt op het politiebureau op. Zanger Jan Smit is in de stad vanwege een optreden op het Muziekfeest op het Vrijthof. Hij wil graag een dagje meelopen met Wolfs en Eva om zich voor te bereiden op een rol die hij gaat spelen in een politiefilm. Ze worden bij een ongeluk geroepen op een stoeterij. Maar is het wel een ongeluk? Marion krij gt te maken met een enthousiaste stagiair van de politieschool: Joe Verwaayen.
Wolfs en Eva worden bij het bruut opengesneden lichaam van een jonge man geroepen. Al snel blijkt dat hij enige tijd geleden, terwijl hij veel te hard reed, een verkeersongeval heeft veroorzaakt waarbij een moeder en kind omkwamen. Als een getuige de echtgenoot in de buurt van het plaats delict gezien heeft, lijkt het om een moord uit wraak te gaan. Marion probeert stagiair Joe te begeleiden, maar dat blijkt niet zo makkelijk.
Op een parkeerplaats wordt een auto aangetroffen met het lijk van een Pool. De zaak doet Eva en Wolfs meteen denken aan een eerdere nog niet opgeloste moord met de zelfde werkwijze. Een inbraak in de buurt, waarbij een pistool verdwenen is, lijkt tot een doorbraak in beide zaken te leiden. Maar de familie waarbij is ingebroken, is niet bepaald een doorsnee gezin. Terwijl Romeo zich verbijt achter zijn bureau zorgt Joe met zijn onstuimige aanpak voor problemen.
Er gaat een AMBER Alert uit en al snel meldt een getuige een incident bij een bezinepomp. Die vertelt dat een meisje om zijn telefoon had gevraagd om even te bellen. Ze blijkt met de kindertelefoon te hebben gebeld met de waarschuwing dat er een meisje ontvoerd zou worden. Het AMBER Alert wordt ingetrokken als blijkt dat het meisje van huis is weggelopen. Maar het telefoontje naar de kindertelefoon laat Wolfs en Eva niet los. Zeker niet als er weer naar de kindertelefoon gebeld wordt en er een jong meisje verdwijnt. Joe en Marion krijgen te maken met een geestelijk verwarde jonge vrouw. Ze bieden hulp, maar waar helpen ze haar eigenlijk mee?
De financial controller van een goede doelen organisatie raakt met haar auto van de weg en sterft op weg naar het ziekenhuis. Een eenvoudig ongeluk, totdat blijkt dat ze een dodelijke hoeveelheid medicijnen in haar bloed heeft. Wolfs en Eva ontdekken dat de goede doelen organisatie in financiële problemen zit. Ook blijkt de boekhouding niet op orde te zijn. Romeo, die eindelijk verlost is van zijn bureaudiensten, en Marion krijgen te maken met een bende zakkenrollers. Wolfs doet een ontdekking in het onderzoek naar de maffia.
Als Wolfs en Eva horen dat er een man verdwenen is uit een dorpje in de buurt van Maastricht, koppelen ze dat al snel aan een cold case onderzoek. Jaren geleden werd in dat dorp een kind verkracht en vermoord. Die zaak proberen ze nu op te lossen met een DNA test onder alle mannelijke bewoners. Wat heeft de verdwijning van de man met die zaak te maken? Marion en Romeo krijgen te maken met een escalerende burenruzie. Sophia Arletti, een Italiaanse rechercheur verschijnt op het bureau. Ze wil dat Wolfs haar assisteert bij een onderzoek.
Een vrouw vermoordt haar man ’s nachts in zijn slaap. Ze blijkt teveel antidepressiva in haar bloed te hebben. De vrouw staat onder behandeling om het verlies van haar enige kind te verwerken. Haar therapeut is geen bevoegd psycholoog en mag dus geen medicijnen voorschrijven. De vrouw blijkt niet de enige voor wie hij een soort goeroe geworden is. Marion en Romeo krijgen weer te maken met Joe’s korte lontje dat hem in de problemen brengt. Eva merkt dat Wolfs en Mechels haar buiten een onderzoek houden. Wolfs ziet zich gedwongen om haar in te lichten. Dat blijft niet zonder gevolgen…
Eva is woest op Wolfs en Mechels en meldt zich ziek. Maar de zaak komt naar haar toe als David Boesmeer onraad ruikt. Hij is gewaarschuwd en alle maffialeden zijn verdwenen van de radar. Alleen Eva heeft nog een aanwijzing waar de maffioso zich bevinden. Maar of ze die wil delen met het team waar ze zo kwaad op is?